Прва колекција коју је Музеј откупио 1951. године јесте колекција пиротских ћилима која се чува у Одсеку за текстил и костим. Исте године откупљена је и вредна приватна збирка познатог сликара и графичара Љубе Ивановића, која је са својих 3.116 предмета представљала основу за формирање музејских колекција.
Од свог настанка Музеј је систематски и континуирано прикупљао нове предмете. У деценији која је претходила обележавању шездесет година од оснивања, музејске збирке увећале су се за 3.843 предмета од којих је 476 стигло путем откупа, а 3.367 љубазношћу бројних дародаваца.
На изложби аквизиција Музеја Ново у колекцијама приказан је 91 предмет који је у периоду од 2001. до 2010. године постао део збирки Одсека за метал и накит, Одсека за стилски намештај и дрво, Одсека за текстил и костим, Одсека за примењену графику и фотографију, Одсека за керамику, порцелан и стакло и Одсека за савремену примењену уметност. Избором предмета који су настали у временском распону од XVIII века до наших дана – накита, намештаја, порцеланског и стакленог посуђа, уметнички обрађених предмета од метала, одеће, ћилима, фотографија, разгледница, илустрација, скица, савремене керамичке скулптуре и инсталација – заступљене су различите области примењене уметности којима се Музеј бави.
Први велики откуп Музеја у овом периоду био је салон Наполеон III, који је направљен у Букурешту у другој половини XИX века. Откупљен је 2001. године за збирку Одсека за дрво и стилски намештај. Овај салон изложен је од 2004. године на поставци стилског намештаја Траг у дрвету у оквиру амбијенталне целине Наполеон III..
Музеј је 2005. године откупио – такође за збирку Одсека за дрво и стилски намештај – значајно дело пионира савремене српске примењене уметности Драгутина Инкиострија Медењака, сто направљен у Београду 1907. године као део кабинетске гарнитуре Министра просвете Краљевине Србије (кат. бр. 20). За збирку Одсека за савремену примењену уметност откупљена је 2006. године полуфотеља која је направљена у Београду, по Инкиостријевим нацртима, у периоду од 1927. до 1932. године. Такође, за ову збирку је 2007. године откупљена документација о Инкиостријевом раду у периоду између два светска рата, која се састоји од 31 предмета – скица, цртежа и фотографија.
У оквиру годишњег изложбеног програма Музеја редовно се одржавају изложбе савремених примењених уметника – Салони Музеја примењене уметности. Правилником о излагању на Салону предвиђено је да сваки излагач поклони Музеју по један свој рад. Музеј сваке године додељује откупне награде на Октобарском салону и Мајској изложби УЛУПУДС-а, а сваке треће године на Тријеналу керамике. Сваке године у Музеју се одржава велика тематска изложба, што је често повод и прилика за нове аквизиције.
Велики пријатељ и дародавац Музеја Јелена Јовановић из Београда обогатила је 2003. и 2005. године својим поклоном-легатом збирку Одсека за фотографију и примењену графику. Поклон-легат чине оригиналне фотографије Николе Вуча, фотограми Марка Ристића и Вана Бора, надреалистички предмети, цртежи и публикације, као и приватни снимци породице Ристић. Захваљујући госпођи Јовановић од 2004. године у збирци Одсека за текстил и костим налази се први предмет европске високе моде, вечерња хаљина сашивена 1909. године у париском огранку чувене модне куће Редферн (Редферн). Госпођа Јовановић је 2007. године поклонила Одсеку за метал и накит 43 предмета – накит и сребрнину XIX и XX века.
Године 2009. у Музеј је стигао поклон Рене Ватије (Ренéе Wатхиер) из Фонтемблоа – 69 предмета од кристала, порцелана и фајанса, медаља и плакета, тепиха, плаката, књига и др. Међу њима су бомбоњера и ваза, направљене у првим деценијама XX века у чувеној радионици стакла Емила Галеа (Éмиле Галлé) у Нансију, и део су збирке Одсека за керамику, порцелан и стакло. Предмети су поклоњени у знак сећања на деду Франсоа Андреа (Франçоис Андреу), војника Источне армије у Првом светском рату, и мајку Симон Андре Ватије (Симонне Андреу Wатхиер), који су били велики пријатељи Србије.
У периоду од 2001. до 2010. године вредне предмете поклањали су Музеју и власници појединих антикварница или аукцијских кућа, који су најчешће и сами колекционари.
Иако је у свету уобичајена пракса да очувани репрезентативни комади одеће, пошто изађу из моде, нађу место у музејским збиркама посредством својих власника – музејских дародаваца – одевни предмети у Србији дуго нису перципирани на овај начин. Током последње деценије ситуација се знатно изменила, па су колекцију савременог одевања Одсека за савремену примењену уметност обогатили бројни нови предмети. Музеј од 2005. године, љубазношћу Александра Јоксимовића, у колекцији савременог одевања чува скице модела, фотографије колекција, дипломе, признања и новинску документацију о раду овог угледног модног креатора.
Збирка Одсека за текстил и костим, захваљујући поклону Чедомира и Растка Васића из Београда, постала је 2006. године богатија за 37 предмета који су део породичног наслеђа дародаваца. Међу њима је венчаница, сашивена 1911. године у познатом београдском кројачком салону Берте Алкалај. Значај оваквих предмета за Музеј илуструје пример да је од шеснаест хаљина из збирке, за које се зна да су сашивене на подручју Србије у периоду од почетка XIX века до 1918. године, ово једина која има ознаку кројачког салона.
У том смислу драгоцен је послужавник из средине XIX века, са жигом београдског мајстора Стоића, који је Одсеку за метал и накит 2007. године поклонио Живојин Лукић из Београда, као и сервис за жестока пића, откупљен 2008. године за збирку Одсека за керамику, порцелан и стакло, који је направљен у периоду од 1846. до 1852. године у Првој српској фабрици стакла Аврама Петронијевића у Јагодини.